Le musée est constitué en 1791, avec la réunion, dans l'ancien palais des rois de France, des grandes œuvres confisquées à la Révolution, provenant des collections royales, commencées par François Ier, puis poursuivies par ses successeurs ( y compris par l'annexion d'importantes collections privées comme celles de Richelieu, Mazarin, Jabach ) jusqu'à la politique d'acquisitions de Louis XV et Louis XVI. Ces apports se poursuivent au cours du XIXème siècle, en particulier sous Napoléon Ier et Napoléon III.
Les illustres Joconde et Vierge aux Rochers de Vinci, et La Belle Jardinière de Raphaël, faisaient partie des collections d'origine, ainsi que les œuvres de l'École de Fontainebleau.
C'est à Marie de Médicis que l'on doit les 21 toiles de Rubens avec les allégories de la vie de la souveraine, mais d'autres acquisitions sont plus tardives, comme les Esclaves de Michel-Ange, les tableaux de Corrège, Titien, Véronèse, Tinoret, la mort de la Vierge de Cavage, des œuvres des classiques français Poussin et Lorrain, des frères Le Nain et de Georges de La Tour.
Signalons encore l’importance accordée aux primitifs italiens, aux écoles hollandaise et flamande et espagnole.
Les œuvres du XVIIIème siècle français sont d'un intérêt particulier , comme celles du début du XIXème, dont Le Serment des Horaces de David, ou bien Le Radeau de la Méduse de Géricault, ainsi que les toiles de Delacroix.
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