La destination publique de son fonds remonte à l'acquisition, en 1662, de la collection Amerbach effectuée par la ville et l'université. Enrichie ensuite par des donations et d'autres acquisitions, elle fut réunie, en 1936, dans les bâtiments qui l'abritent depuis.
Les fonds Amerbach comprend de très nombreux dessins et gravures de l'École allemande, notamment la Résurrection d'Altdorfer, Allégorie de la mort de Baldung Grien, des oeuvres de Holbein l'Ancien et Holbein le Jeune. Parmi les œuvres entrées plus tard, il faut signaler celles des impressionnistes et des postimpressionnistes comme Monet, Pissarro, Cézanne, Sisley, Van Gogh, Gauguin et l'ensemble des artistes suisses comme Böcklin et Hodler. L'expressionnisme est admirablement représenté par les toiles de Kirchner, Nolde, Barlach, Beckmann, Dix, Kokoschka, Marc, en grande partie acquises lors d'une solderie "d'art dégénéré" organisée par les nazis; le cubisme s'illustre par des œuvres de première importance de Picasso, Braque, Gris et Léger. Le maintien de cette politique d'acquisitions a permis de constituer également un excellent panorama sur l'art de ces dernières décennies.
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